امّا زعامت دينى شيخ اعظم از تاريخ 1226 تا سال 1281 يعنى 15 سال تمام مرجعيت مسلمين را عهده‌دار مىشود و طائفهء اماميه از سراسر عالم متحد و يكپارچه از يك مرجع تقليد پيروى مىكنند . حقوق شرعيه واجبه از شرق و غرب جهان شيعه به سوى نجف اشرف و بيت رفيع مرجعيت و فتوى سرازير مىشود . هداياى گرانبها از هر سوى به خانه شيخ روان مىگردد . امّا شيخ تمام اين حقوق مالى و هداياى شيفتگان خاندان عصمت و طهارت را گرفته و در حجره‌اى قرار مىدهد و در فرصت‌هاى مناسب اين حقوق را به صاحبان اصلى آنها مسترد مىدارد و با كمال عدل و انصاف تقسيم مىنمايد . مبلغ باقيمانده را در طرق خير و راههاى انسانى كه شريعت بدان تحريص فرموده مصرف مىكند از قبيل : ساختن مساجد ، مدارس علميه ، پل و تزويج جوانان و . . . آرى شيخ اين شيوه را از مولى على آموخته . و امّا زعامت علمى : شيخ اعظم پس از استاد گرانقدرش مرحوم آيت اللّه شيخ على كاشف الغطاء مستقلا داراى حوزه درس و بحث است ولى منحصر به فرد نيست زيرا كه در رأس نظام حوزه صاحب جواهر همانند خورشيد مىدرخشد . امّا پس از رحلت صاحب جواهر ره ، شيخ اعظم در امر زعامت علمى حوزه‌هاى علميه شيعه نيز يكه‌تاز ميدان مىگردد و سيل مطالب علمى از دامان بلند اين قلّه رفيع بر سرزمين جان تشنگان معرفت سرازير مىشود و بيش از هزار انسان فاضل و دانشمند در درس شيخ حضور دارند . از اين حوزهء درس پربركت بيش از پانصد مجتهد مسلم تحويل جامعه اسلامى داده مىشود . در عين حال كه شيخ اعظم بر كرسى مقدس تدريس و تربيت علما و فضلا